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MicrobialTrack 微生物鑑定軟體
次世代的MALDI-TOF MS 微生物鑑定軟體
MicrobialTrack 是一款全新的分析平台,運用由基因組序列預測的龐大原核生物蛋白質理論質量資料庫,結合 MALDI-TOF MS (基質輔助雷射游離飛行時間質譜)技術,進行原核微生物的鑑定。該資料庫涵蓋了大量先前無法鑑定的細菌與古菌的系統分類群,使得無法培養或難以培養的微生物也能被鑑定,登陸菌種高達85000 species。此外,MicrobialTrack 不僅提供精確的微生物鑑定結果,亦可透過理論質量進行深入的質譜數據分析,進一步為偵測到的質譜訊號賦予對應的蛋白質名稱與相關資訊。

顛覆傳統的分析法-基於基因組的分類架構與蛋白質體學的鑑定
MicrobialTrack 的鑑定結果會依據 Genome Taxonomy Database(GTDB, https://gtdb.ecogenomic.org) 所定義的分類名稱進行顯示。GTDB 是一套以基因組序列相似性為基礎建立的分類系統,用以界定物種層級。MicrobialTrack採用與 GTDB 相同的標準來定義物種層級,並於其他分類階層中延續 GTDB 的分類架構與命名方式,確保鑑定結果具備高度一致性與科學依據。MicrobialTrack也利用基因組資訊推測之蛋白質理論質量資料庫來進行未知微生物鑑定,其鑑定原理為:將來自微生物樣本經MALDI-TOF MS 分析所獲得的實測質譜,與理論質量資料進行比對。隨著基因體定序技術的迅速發展,公共核酸序列資料庫中可取得的原核生物基因體數量已大幅成長。MicrobialTrack 搭配其自主開發的大規模理論質量資料庫與獨創鑑定演算法,能在不受培養條件或 MALDI-TOF MS 儀器型號影響的情況下,迅速且準確地鑑定多樣微生物物種。

打破廠牌高牆,雲端服務隨時存取
由於MicrobialTrack 所採用的鑑定演算法依賴於基因組預測蛋白質的質量,因此其鑑定效能不會受到培養條件或MALDI-TOF MS 儀器型號的影響,MicrobialTrack也支援通用格式,因此可導入各廠牌儀器的分析數據進行分析。所得的質量峰值清單會與理論質量資料庫進行比對,以鑑定微生物種類。整個鑑定流程僅需三個步驟即可完成。鑑定結果將以候選物種的排序列表呈現,並配有依鑑定信賴程度區分的彩色圖示。使用者也可檢視對應至檢測峰值的蛋白質資訊,以確認哪些蛋白質來自所鑑定的微生物,簡單三個步驟便可以完成鑑定。

進階的蛋白質體分析平台
MicrobialTrack 使用資料庫中的理論質量來推測各個峰值所對應的蛋白質。推測出的蛋白質名稱會同時顯示在質譜圖上及表格式清單中。在軟體的質譜峰圖中,與理論蛋白質質量相符的質譜峰會以紅色標示,方便使用者辨識。此外MicrobialTrack 還提供選配功能,讓使用者可檢視對應峰值的蛋白質名稱、理論質量及胺基酸序列。作為一項雲端服務,使用者無需購置專用電腦或安裝軟體。只要具備可連線至網際網路的環境,即可從個人電腦透過指定的 URL 進入系統並使用,隨時隨地使用最新的資料庫進行分析。

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